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１、信託の光

マナの血族が住む「神託の村　イセリア」。
予言の日の朝も、この村にある学校で、
ロイドはいつものように幼なじみのコレットとジーニアスと共に、
教師であるリフィルの授業を受けていた。
ところが、授業中に突然、村の北西の聖域と呼ばれるマーテル教会聖堂から、
村を包むような光があふれ出す。それは神託が下るという合図だった。
様子を見るためリフィルが席をはずしたのをいいことに、
ロイドはジーニアスとコレットを連れて、
聖域の様子を見るために出かけることにする。

２、聖域

聖域では村の警備を破って侵入したディザイアンが、
マナの血族の娘であるコレットの命をねらって襲い掛かってくる。
必死で彼女を守るロイドたちだったが、
敵の攻撃がすさまじく太刀打ちできなかった。
そこに旅の傭兵クラトスが現れ、ロイドたちを救ってくれる。
その腕にはエクスフィアが輝いていた。
クラトスの剣技に感心するコレットとジーニアス。
しかし、ロイドは同じようにエクスフィアを装備しているのに、
自分よりも強いクラトスに嫉妬する。コレットの祖母ファイドラによると、
ディザイアンは、コレットに神託が下るのを恐れて襲ってきたらしい。
おかげで神託を受けようにも護衛となる者がいない状態になっていた。
しかも聖堂には、すでに神託のための試練として、神が遣わした魔物がうようよしている。
結局祭司たちの代わりに、ロイドたちがコレットを守って聖堂に入ることになった。

３、天使

聖堂の最上階にある祭壇にたどり着くと、
クルシスの輝石が輝いていた。
そこに一人の天使が降臨する。
コレットの実父を名乗る天使レミエルは、
コレットに世界再生の旅をするように告げた。
世界を巡り、眠れる精霊たちの封印を解放せよ、と。
神託を受けたコレットは、クラトスと共に一足先にイセリアに戻っていった。
ロイドとジーニアスもコレットの家に向かうことにした。

４、イセリアの森

神託を受けて、コレットは翌朝、旅立つことになった。
コレットの供にはリフィルとクラトスがつくことになる。
ロイドも同行を申し入れたが、それは聞き入れられなかった。
ふてくされて、帰宅しようとするロイドだったが、
ジーニアスが行きたいところがあるとついてくる。
ロイドはジーニアスと共に、
家への通り道であるイセリアの森を通り抜けるため、
イセリアの西へと向かう。
ジーニアスが用事があると言っていた先は、
村の禁忌としてけして近づいてはならないとされていた、人間牧場だった。
人間牧場ではディザイアンに拉致された人間が、虐待を受けている。
しかしイセリアは、村を守るために、
牧場に関知しないという不可侵契約を結んでいるのだった。
ジーニアスもそれを知っていたが、
どうしても神託があったことを伝えたい人がいると言う。
ジーニアス１人では心配なので、
ロイドもジーニアスと共に人間牧場に向かうことにする。

５、人間牧場

ディザイアンの監視の目をくぐり抜け、１人の老女がロイドたちに近づいてくる。
この老女マーブルにジーニアスはなついていたのだった。
初めて牧場に収容された人を見たロイドは、
マーブルが自分と同じエクスフィアを身につけていることに気がつく。
しかしマーブルは、そのエクスフィアを制御する要の紋を身につけていなかった。
エクスフィアは要の紋を身につけていないと、体に有害なのである。
ロイドは養父であるドワーフのダイクに、要の紋の製作を頼むことにした。
この時、ディザイアンの監視が近付いてくる。
マーブルはロイドたちに逃げるように促し、
それに従いロイドたちは身を隠すが、マーブルはディザイアンに連行され、
痛めつけられてしまう。マーブルの命の危険を感じたロイドたちは、
ディザイアンからマーブルを救い出してしまう。
この時ロイドは記録装置により、一部始終を見られていたことに気がつかなかった。
ジーニアスは村へと戻っていった。ロイドも自分の家へ向かうため、
森の道を奥へと進んでいった。

６、エクスフィア

自宅に帰ったロイドは、ダイクに牧場に入ったことを叱られる。
ロイドのエクスフィアは特別なもので、
ディザイアンたちはそのエクスフィアをねらって、
ロイドの母親アンナを殺したのだという。
だから牧場へ近付いて、ロイドのエクスフィアをディザイアンに見られてしまっては、
ロイドも命をねらわれてしまう。命を守るためにも、
二度と牧場に近付いてはいけないと諭されるロイド。
しかしロイドはマーブルを見捨てることは出来ないと反論し、
ダイクと対立してしまう。

７、月夜の語らい

その日の夜、コレットが旅の同行者であるリフィルとクラトスに守られて、
ロイドの家までやってきた。姉と別れがたいのか、
ジーニアスも共についてきていた。
ロイドはコレットに、実は誕生日のプレゼントが間に合わなかったことを報告する。
そして改めて自分を旅に連れて行って欲しいと懇願する。
ディザイアンは母の仇だ。旅を邪魔するであろうディザイアンからコレットを守り、
世界再生を手伝うことで母親の仇を消滅させたい、とロイドは願っている。
コレットはロイドの同行を承知してくれる。
ロイドは翌日にはプレゼントを持って合流することを約束し、コレットのプレゼントの仕上げに入った。

８、旅立ちの朝

翌朝、プレゼントを完成させたロイドに、ダイクが新しい要の紋を用意してくれる。
ダイクもまた、ロイドの決心を知って、彼の旅立ちを許してくれたのだ。
ダイクと和解して、いよいよ旅立とうとしたロイドだったが、
そこにジーニアスが慌てて駆け込んでくる。
ジーニアスの話によると、コレットたちは今朝早くに出発してしまったというのだ。
おいてけぼりにされてしまったことに驚いたロイドは、慌てて村に向かった。
村に到着したロイド。
村の人によるとコレットの祖母ファイドラがロイドの来訪を待っているという。
ロイドは急いでファイドラの待つコレットの家に向かった。
コレットの家に着くとコレットの父フランクから、
コレットが残していった書置きを渡される。それによるとコレットは、
危険な旅にロイドを巻き込みたくないと、わざと嘘の出発時間を教えたのだという。
コレットを追いかけようとするロイド。しかしその時、村に異変が起こる。

９、襲撃、そして…

何者かがイセリアを襲撃してきた。
ディザイアンは、ロイドとジーニアスが犯した禁忌に対する見せしめにきたのだ。
ディザイアン五聖刃のフォシテスと名乗る男は
ロイドが助けた老女マーブルを怪物に変えて、ロイドを殺そうとする。
ロイドが窮地に立たされたとき、
怪物にされたマーブルはロイドを助けるため自ら命を絶ってしまった。
このマーブルの犠牲でフォシテスは傷を負い、
ディザイアンたちはこれ以上の襲撃をやめ、退いていく。
だが、村は大変な被害を受け、
責任を問われたロイドとジーニアスは村から追放されてしまう。
ロイドはディザイアンの非常に怒り、同時に自分の無力を悔やむのだった。
行き場を無くしたロイドたちは、先に旅立ったコレットを追いかけるため、
街道を南に下っていくことにする。

１０、追って砂漠へ

コレットたちを追って「砂漠の花　トリエット」に到着したロイドとジーニアス。
街ではディザイアンが手配書まで用意し、ロイドの追跡を始めていた。
二人はディザイアンの目から逃れつつ、コレットたちの行き先を知るために、
街で情報を集めることにする。
コレットたちがイフリートの暴走によって滅びたというオアシスに向かったことを
知ったロイドたちだが、ディザイアンの襲撃を受け、
そのままロイド一人だけが誘拐されてしまう。

１１、脱出

公開処刑になるという話を聞き、危険を感じたロイドは、
手元に残っていたソーサラーリングを使って、なんとか牢を脱出する。
敵の目から逃れつつ、ここから脱出するため施設を探索する。
施設内を探索していたロイドだったが、追い詰められ、苦境に陥ってしまった。
ここにコレットたちを連れたジーニアスが懸け付け、救い出してくれる。
ディザイアンのとりでを脱出したロイドたちは、
ひとまずトリエットに戻ることにする。

１２、旅業

コレットは事情を知って、ロイドとジーニアスを仲間に加えてくれた。
世界の各地にあるという全ての封印を解放し、世界を救済するための旅がはじまる。

１３、火の封印

ロイドたちは天使レミエルの言っていた火の封印を求めて、
トリエットの南部にある「旧トリエット跡」に向かう。
旧トリエット後に到着したロイドたち。火の封印を解放するため最深部を目指す。

１４、羽

火の封印・旧トリエット後にたどりついたロイドたちは、
封印を守るガーーディアン「クトゥグハ」を倒し、封印を解放する。
　眠っていた火の精霊「イフリート」が解放されると同時に、
コレットの体に天使の羽が生えた。
レミエルの言葉通りの変化に、ロイドたちは喜ぶ。
レミエルより更なる封印が海を越えた東の大陸にあると聞いたロイドたちは、
オサ山道を越え、東に向かうことにした。

１５、コレットの異変

封印を解放したロイドたちは、旧トリエット跡を去ろうとする。
しかし出口までさしかかった時、
コレｌットが天使に近付いたことによる急激な体の変化によって、
体調を崩してしまう。
ロイドたちはコレットの体調を気遣ってこの場で野営をすることにした。
コレットの体調はすぐに元に戻ったものの、どこか元気がない。

１６、刺客

オサ山脈を越える唯一の道「オサ山道」で、謎の暗殺者がコレットの命を狙い、
襲ってくる。しかしこの暗殺者は、
コレットが偶然開けてしまった管理用の隠し通路に落ちてしまい、
闘いにはならなかった。ロイドたちは暗殺者の損じアに不安を感じながらも、
山道を越えるために先へと進んでいく。
オサ山道も出口にさしかかったところで謎の暗殺者が追いついてきて、
再び襲い掛かってきた。これを退けたものの、
世界再生に反対する者がいることを知って、ロイドたちは驚くのだった。
思いがけない襲撃を受けたが、
とりあえずオサ山脈東側の海岸線に抜けることにする。

１７、東の大陸へ

オサ山道を抜けたロイドたちは東の大陸に船を出してくれそうな所を探す。
大陸の東に位置する「小さな漁村　イズールド」にたどり着いたロイドたち。
しかし村民は、現在は海に魔物が出るということで船を出したくないようだった。
多少強引だったが、村人の一人、
マックスの協力を得て船を出すことが出来たロイドたちは、
海を越えた先、「港町　パルマコスタ」を目指す。

１８、港町　パルマコスタ

イズールドで船を調達して次の大陸にたどり着いたロイドたちは、
パルマコスタの港に降り立った。そこがディザイアンの脅威に怯えながらも、
軍隊を終結させてディザイアンと戦おうとしている街だった。

１９、再生の書の行方

封印の手がかりが記されている「再生の書」はコレットの偽者に謝って手渡され、
所在がわからなくなってしまった。
ロイドたちは偽者たちがこれを売却する可能性を考え、
アスカード地方へと至る、北東の「ハコネシア峠」を目指す。

２０、閲覧の条件

ロイドたちはハコネシア峠で、番兵と共に暮らす老人と出会う。
骨董収集が趣味のこの老人は、コレットの偽者から再生の書を手に入れていた。
老人はマーテル教会で保有しているという。
初代神子「スピリチュア」の石造を盛ってくれば、
再生の書を読ませてくれるという。
仕方なくロイドたちはスピリチュア像を手に入れるべく、
ここより南にある救いの小屋へと向かう。

２１、不吉な予感

ロイドはパルマコスタにディザイアンたちが向かったという話を聞く。
しかもその中にはこの近くの人間牧場の主、
マグニスの姿もあったという。
ロイド達に不安がよぎる。

２２、ディザイアンの報復

パルマコスタへ戻ったロイドたちは、
街がディザイアンに襲われているところに出くわした。
ショコラがディザイアンにたてついた為だ。
ロイドたちは、見せしめのために処刑されそうなになったショコラの母を救い出した。
一日も早く世界を救済するために、再生のたびを続けるロイドたち。

２３、ショコラの危機

再びハコネシア峠までやってきたロイドたち。
その時ドアの使者に引き止められる。
旅業に出たショコラは誘拐されたというものだ。
ロイドたちは彼女を助けるために、ハコネシア峠の南東にある、パルマコスタの人間牧場へ急いだ。

２４、総督府の真実

人間牧場に潜入しようとするロイドたちの前に、ドアの副官ニールが駆けつけ、
衝撃の真実を告げる。実はドアはディザイアンと対立するフリをして、
彼等と結託していた。
ショコラの誘拐もロイドたちを人間牧場に呼び出す為の罠だったのだ。
だがショコラの身を案じたロイドたちは、
罠と知りつつも人間牧場へ潜入することにする。

２５、罪か過ちか

ロイドたちは人間牧場に潜入して、囚われている培養体の人々を救うと共にショコラを確保する。
しかし、ショコラはマグニスからロイドが原因でマーブルが死んだことを聞かされ、
ロイドの助けを拒んでしまう。ロイドたちはマグニスを倒し、
牧場を壊滅させるが、ショコラはディザイアンの手によりどこかに連れ去られてしまうのだった。
ロイドたちはショコラの身を案じながらも、
今回の件の黒幕であるドアから事情を聞くために、
パルマコスタへ戻ることにする。